提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
数字化为全球经济注入新动能******
两部“互联网发展报告蓝皮书”发布——
数字化为全球经济注入新动能
光明网记者 李政葳 孔繁鑫
在过去的一年里,中国和世界互联网发展取得哪些新进展、新成就?又呈现出哪些新趋势?11月9日,在2022年世界互联网大会乌镇峰会期间,《中国互联网发展报告2022》《世界互联网发展报告2022》蓝皮书对外发布。
蓝皮书由中国网络空间研究院牵头,由国内外互联网领域高端智库和研究机构参与编撰完成,自2017年起连续6年面向全球发布,已成为世界互联网大会的一项重要成果。
中国数字社会建设更加均衡包容
《中国互联网发展报告2022》从网络基础设施、数字经济、数字化公共服务、网络文明、网络安全、网络法治及网络空间国际交流合作等7个方面,立体呈现了中国数字化转型过程中的新实践、新成就。
截至2022年6月,中国累计建成开通5G基站185.4万个,建成全球规模最大的5G网络;光纤宽带加速升级,千兆用户规模达到5591.1万户,全国超过300个城市启动千兆光纤网络建设;物联网产业规模突破1.7万亿元……一系列数据,清晰展现了中国数字化转型发展中取得的亮眼成绩。
记者留意到,蓝皮书中专门用一个章节系统介绍了数字社会建设情况。“我国数字社会建设更加均衡包容。近年来,我国大力推动信息惠民、网络扶贫和电信普遍服务,在数字鸿沟治理方面一直走在国际前列。”中国网络空间研究院副院长李颖新说。
世界进入全面数字化转型发展期
《世界互联网发展报告2022》重点立足全球视野,梳理总结世界互联网发展情况,客观反映在国际复杂环境下,各国积极探索、推动发展、应对挑战的新举措、新进展、新成果。
“从总体上看,全球互联网仍然在曲折中前进、在竞争中发展。”李颖新介绍,世界进入全面数字化转型的发展时期,数字技术创新仍是全球战略重点;此外,互联网领域发展不平衡、规则不健全、秩序不合理等问题日益凸显。
蓝皮书显示,2021年全球47个国家的数字经济增加值规模达38.1万亿美元,同比名义增长15.6%,占GDP的比重达45%。“数字经济为全球经济增长注入新动能,成为推动全球经济复苏的重要引擎。”李颖新说,疫情之下,越来越多的经济活动转移到线上,催生了远程医疗、在线教育、在线办公等新的业态和经济增长点;数字技术与实体经济融合创新的特征更加明显,继消费互联网之后,产业互联网成为各方关注的重点。
《光明日报》( 2022年11月11日 07版)